بر مبنای ماده ۲۳۸ اصلاحی قانون مالیاتهای مستقیم، از تاریخ ۱۳/ ۱۰/ ۱۴۰۰ چنانچه مؤدی نسبت به اوراق تشخیص/ مطالبه/ استرداد مالیات صادره، معترض باشد می‌تواند ظرف ۳۰روز از تاریخ ابلاغ، شخصا یا به وسیله وکیل تام‌‌‌‌الاختیار خود از طریق پنجره واحد خدمات الکترونیکی سازمان امور مالیاتی کشور به نشانی www.my.tax.gov.ir یا روش پستی یا مراجعه مستقیم به باجه خدمات مؤدیان ادارات امور مالیاتی، اعتراض خود را همراه با دلایل، اسناد، مدارک و مستندات مربوط به ادارات کل امور مالیاتی مربوطه ارائه و تقاضای رسیدگی مجدد کند. مؤدیان می‌توانند همزمان با ثبت اعتراض به برگ تشخیص/ مطالبه/ استرداد مالیات، با توجه به نوع فعالیت خود، از میان مراجعی مانند اتاق‌‌‌های اصناف، بازرگانی، صنایع، معادن، کشاورزی، تعاون، مجامع حرفه‌‌‌ای و حسب مورد سایر مراجع قانونی، یکی را به عنوان نماینده خود جهت شرکت در هیات حل اختلاف مالیاتی معرفی کنند. در غیراین‌صورت؛ سازمان امور مالیاتی با توجه به نوع فعالیت مؤدی یا موضوع مورد رسیدگی از بین نمایندگان مراجع مذکور، یک نفر را انتخاب خواهد کرد.
مسوول/ مسوولان مربوط در سازمان امور مالیاتی، باید حداکثر ظرف ۴۵روز از تاریخ ثبت درخواست (اعتراض) مؤدی ، به اعتراض وی رسیدگی و نتیجه را به مؤدی اعلام کند. چنانچه مؤدی نتیجه رسیدگی مسوولان ذی‌ربط را پذیرفته و مراتب پذیرش خود را به اداره امور مالیاتی اعلام کند، پرونده از لحاظ درآمد/ ماخذ یا اعتبار مالیاتی، قطعی خواهد بود. در غیراین صورت، پرونده مؤدی برای رسیدگی به هیات حل اختلاف مالیاتی ارجاع خواهد شد. در مورد اعتراض مالیاتی موضوع ماده ۲۳۸ قانون مالیاتهای مستقیم و نیز ارجاع پرونده به هیات‌‌‌های حل اختلاف مالیاتی توجه به نکات زیر ضروری است:
- فارغ از زمان اعلام نتیجه توسط اداره امور مالیاتی، مؤدی در مهلتی که بیش از ۴۵ روز از زمان ثبت اعتراض اولیه وی نباشد، فرصت دارد نسبت به پذیرش یا عدم‌پذیرش نتیجه رسیدگی مجدد، اقدام کند.
- مواردی از اعتراض مؤدی که در مرحله اجرای مفاد ماده ۲۳۸ قانون مالیاتهای مستقیم مورد پذیرش مسوول/ مسوولان مربوط قرار گرفته است؛ در مراحل بعدی دادرسی مالیاتی، مورد رسیدگی مجدد قرار نخواهد گرفت.
- در اجرای مفاد دستورالعمل اجرایی موضوع تبصره ۱ ماده ۲۳۸ اصلاحی قانون مالیاتهای مستقیم، صرفا اعتراضاتی که از طریق پنجره واحد خدمات الکترونیکی تسلیم شوند به عنوان اعتراض قابل رسیدگی مجدد است. لیکن به منظور تسهیل فرآیند ثبت اعتراض و تکریم ارباب رجوع، صرفا تا تاریخ ۱۷/ ۰۲/ ۱۴۰۱، علاوه بر اعتراضات واصله از طریق سامانه، سایر اعتراضاتی که کمافی‌السابق از طریق پستی یا به صورت حضوری به اداره کل امور مالیاتی ارائه شده‌‌‌اند، نیز قابل رسیدگی مجدد هستند.