تدوین بسته معافیت‌های بیمه‌ای در قراردادهای دانش‌بنیان یکی از مطالبات مهم شرکت‌های دانش‌بنیان محسوب می‌شود. بر این اساس معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری با انعقاد قراردادی با سازمان تامین اجتماعی، زمینه‌ای فراهم کرد تا شرکت‌های دانش‌بنیان در این زمینه از معافیت برخوردار شوند. تا کنون ۸۵۰ شرکت دانش‌بنیان از این معافیت بیمه‌ای بهره‌مند شده‌اند.
به گزارش روابط عمومی اتاق بازرگانی ارومیه به نقل از پایگاه اطلاع رسانی دولت ، با صدور بخشنامه ۱۴.۱۲ تامین‌اجتماعی در سال ۱۳۹۷ یکی از مهمترین حمایت‌ها از شرکت‌های دانش‌بنیان رقم خورد.
بر اساس این بخشنامه، تمام قراردادهای دانش‌بنیان که به تایید معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری برسند، از پرداخت حق بیمه قراردادها معاف می‌شوند. از سال ۱۳۹۷ که معافیت حق بیمه قراردادهای دانش‌بنیان به جریان افتاد، تا به امروز بیش از ۸۵۰ شرکت توانستند از این معافیت‌های بیمه‌ای بهره‌مند شوند.
تصویب این بخشنامه و تدوین این بسته حمایتی، یک مزیت بزرگ برای شرکت‌های دانش‌بنیان ایجاد کرد. علیرغم بهره‌وری قابل توجه این خدمت، برای شرکت‌های دانش‌بنیان، برخی مسائل و مشکلات نیز در جریان کار به وجود آمد. در صدر این مشکلات، نبود شعبات تخصصی تامین اجتماعی، ویژه شرکت‌های دانش‌بنیان قرار داشت.
این خواسته شرکت‌های دانش‌بنیان و زیست بوم نوآوری کشور در جلسات دو طرفه، به اطلاع مسئولین امر رسانده شد. مسئولین سازمان تامین اجتماعی نیز در این رابطه قول همکاری دادند.
در نهایت این سازمان، راه‌اندازی شعبات تخصصی تامین اجتماعی، ویژه شرکت‌های دانش‌بنیان را در دستور کار قرار داد. این شعب تخصصی در ابتدا در شهر تهران راه‌اندازی شد. پس از آن شهر اصفهان میزبان تاسیس شعب تخصصی تامین اجتماعی ویژه شرکت‌های دانش‌بنیان بود و خوزستان نیز از این خدمت بهره‌مند شد. در ادامه در دیگر شهرها و استان‌های کشور نیز به صورت تدریجی، شعب تخصصی تامین اجتماعی تاسیس شد.
پس از ارزیابی قرارداد و در صورت انطباق آن با فعالیت‌های دانش‌بنیان شرکت، نامه تأیید معافیت از ضرایب، توسط معاونت علمی و فناوری برای شعبه موردنظر در سازمان تأمین اجتماعی ارسال خواهد شد. قراردادهای معرفی‌شده منحصراً در خصوص موضوعات دانش‌بنیان مورد تایید و با معرفی معاونت علمی و فناوری رئیس‌جمهور بوده و سایر قراردادهای منعقده شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان، طبق مقررات جاری سازمان تامین اجتماعی و با رعایت ماده ٤١ قانون تامین اجتماعی محاسبه و مطالبه خواهد شد.
شرکت‌هایی که متقاضی استفاده از این معافیت هستند، با مراجعه به سامانه Reg.Daneshbonyan.ir می‌توانند درخواست خود را به همراه متن قرارداد و نامه اعلام پایان پروژه (درخواست مفاصاحساب توسط کارفرمای قرارداد) در سامانه ارسال کنند.